Начало исследованиям подводных древностей Иссык-Куля были положены еще в 1871 г. по инициативе военного губернатора Семиречья Г.А. Колпаковского. В подарок от иссык-кульских кыргызов он получил две бронзовые чаши, поднятые ими со дна озера. На одной из них арабской куфической вязью была выведена надпись. Судя по всему, чаша и надпись были сделаны в караханидское время (XI–XII вв.). Попытки приобретения во Франции водолазного снаряжения окончились неудачей. 
Пионером современного научного исследования подводных памятников Иссык-Куля с использованием акваланга по праву считается научный сотрудник Института истории Кыргызской академии наук Д.Ф. Винник, начавший погружения со студентами еще в 1959 г. К сожалению, позже они были прерваны.
В 1985 г. подводные исследования были возобновлены совместно с учеными России. Под водой было зафиксировано более двадцати затонувших памятников курганов и поселений, а на побережье Иссык-Куля — до сотни. Они являются немыми свидетелями двух цивилизаций Тянь-Шаня: древнекочевой (I тыс. до н. э.) и средневековой —земледельческой.