Таш-Рабат был построен в XV веке на месте более древнего христианского монастыря IX-X веков. Существует две версии его возникновения. Историки и археологи спорят кто, когда, и зачем построил это каменное сооружение.
Одни считают, что Таш-Рабат это средневековая перевалочная база торговых караванов на Великом Шёлковом пути. Другие думают, что данное сооружение представляет собой свидетельство монастыря христиан-несториан. И та и другая версии имеют право на существование, ведь в средние века торговцы и странствующие монахи шли одними тропами.
Возможно, когда в Центральной Азии окончательно закрепился Ислам, монастырь начал приходить в упадок. Теперь он стал служить в качестве караван-сарая на Великом Шёлковом пути. Это обстоятельство и не дало храму превратиться в развалины..
Считается, что Таш-Рабат был ключевым пунктом при переходе караванов через Тянь-Шань, так как не только предоставлял убежище для купцов, но и служил укреплением при набегах грабителей. Через Таш-Рабат торговые караваны направлялись из Китая в города Ферганской долины.